Keď bola v roku 1953 založená Slovenská akadémia vied, vznikol aj súbor niekoľkých samostatných laboratórií zameraných na medicínsky výskum. V r. 1957 boli tieto laboratória združené ako oddelenia do vedeckého ústavu s názvom Ústav experimentálnej medicíny SAV (ÚEM SAV). V r. 1965 z dvoch oddelení – Oddelenia experimentálnej chirurgie a Oddelenia experimentálnej hygieny - vznikli samostatné ústavy a pôvodný názov ÚEM bol na základe novej profilácie zmenený na Ústav normálnej a patologickej fyziológie Slovenskej akadémie vied (ÚNPF SAV). Založenie ústavu umožnilo rozvíjať na profesionálnej úrovni vedecký výskum v oblasti kardiovaskulárnej fyziológie, neurofyziológie a psychofyziológie. V súčasnosti je ÚNPF SAV jediným výskumným ústavom na Slovensku, ktorý sa zaoberá humánnou fyziológiou na systémovej úrovni (základný a klinický výskum).